El Centro Ecuménico Misioneras de la Unidad de Madrid se creó como consecuencia natural de la vocación ecuménica del Instituto Misionero de la Unidad, como un espacio en el que los cristianos, eclesialmente divididos, alimenten la nostalgia de la hermandad, se comprometan a manifestar la unidad que ya tienen en Cristo y busquen la plenitud que les haga ser testigos creíbles de la fe cristiana. Las divisiones actuales, herencia de rupturas y enfrentamientos de siglos pasados, constituyen un antisigno que impide el testimonio común y la eficacia en la evangelización, en la misión.

El Centro Ecuménico no es un lugar neutro, sino un lugar de comunión en la fe cristológica y trinitaria, comunión en el mismo bautismo y en la plegaria común. Comunión en la tarea de preparar un mundo más humano y más justo. Pero es un lugar que todavía no puede expresar la plenitud de unidad que Cristo quiso para los suyos.

Como todo Centro Ecuménico manifiesta una utopía de intensa fuerza. Cuando tantos hechos y actitudes desde todas las iglesias parecen descalificar la búsqueda de unidad plena que las mismas iglesias proclaman solemnemente en sus textos y declaraciones, el Centro Ecuménico mantiene la fe inquebrantable de que la unidad visible, la comunión en la fe y en el sacramento, el reconocimiento mutuo de los ministerios eclesiales, la profesión de una "sola Iglesia", es la tarea a la que no se puede renunciar por difícil y ardua que parezca a la mayoría.

El Centro Ecuménico mantiene su fidelidad confesional, porque sin fidelidad confesional se traiciona al ecumenismo, considera a las otras iglesias como "iglesias hermanas" y está familiarizado con la liturgia, la espiritualidad, la historia y el pensamiento de las "otras iglesias". Vocacionalmente, el Centro Ecuménico permanece en esa frontera, "construyendo puentes", destruyendo malentendidos, recibiendo y asumiendo lo "mejor" de los otros, para mostrarlo a los hermanos de la propia tradición eclesial. Ofrece el "verdadero rostro" de la propia Iglesia a los hermanos de las otras confesiones. En este ambiente el protestante deja de ser el "hereje consumado", el ortodoxo deja de ser el "orgulloso anclado en el pasado", y el católico deja de ser el "papista". El contacto y diálogo con los hermanos de distintas iglesias, que es uno de los objetivos del Centro, hace que los muros se vayan rompiendo y que la comunión empiece, no sólo a tener sentido, sino a verse como una "posibilidad real".

El Centro Ecuménico, en sí mismo, quiere cuestionar la realidad eclesial en sus divisiones actuales, ya que se ha hecho costumbre el vivir separados como si ello fuere el estado normal de los bautizados en Cristo, siendo esa costumbre un motivo de separación. El cuestionamiento implícito que supone la existencia de cualquier Centro Ecuménico, está motivado por el amor a las iglesias, por amor a la propia Iglesia, nunca por la obsesión de la crítica en sí misma, o por el simple deseo de protagonismo que nada tendría de evangélico.

Pretende también ser un semillero de vocaciones ecuménicas, ya que su actividad comporta una vida teologal para quienes se acercan al Centro. El estudio de las otras iglesias lleva a descubrir sus riquezas teológicas y culturales y a palpar las ansias de espiritualidad y del amor a Cristo que existe en otras tradiciones cristianas.

La experiencia de quienes se ponen en contacto con el ecumenismo se manifiesta en el respeto, aprecio e incluso amor, hacia los hermanos de las otras iglesias. Nada más lejos de la intención del Centro Ecuménico "Misioneras de la Unidad" (y de cualquier Centro que se llame ecuménico) que llegar a ser portavoz de grupos de cristianos integristas, que por una falta de fidelidad a la propia Iglesia pretende imponer "su verdad" sobre la misma Verdad. Tales actitudes, a la larga, perjudican a la causa ecuménica y a la misma imagen de la Iglesia.

El Centro Ecuménico pretende también recordar a la iglesia local la imperiosa necesidad de impregnar de ecumenismo la propia vida (la catequesis, las celebraciones litúrgicas, la enseñanza religiosa, la formación teológica, las actividades sociales y caritativas, etc.). En este sentido, el Centro Ecuménico "Misioneras de la Unidad" quiere ser memoria de que lo ecuménico no es una especialidad, sino una dimensión obligada de toda la Iglesia, en definitiva de todo cristiano.