El instituto o centro ecuménico es la expresión del ecumenismo ejercido desde las bases eclesiales. El "centro ecuménico" permite la vivencia y desarrollo del ecumenismo práctico, a la vez que sirve de cauce para la difusión y formación ecuménica, siendo a la vez lugar privilegiado de encuentro (para la oración, para el conocimiento mutuo, para la colaboración) entre los cristianos divididos.

Los diversos centros, que son creaciones de vocaciones particulares, bien grupales o individuales, se distinguen entre sí por la modalidad de trabajo: de carácter doctrinal, espiritual o pastoral. A su vez pueden ser confesionales e interconfesionales, cuando en este último sus miembros pertenecen a diferentes confesiones.

En España, la mayoría de los centros ecuménicos existentes (que aparecen en la sección Guía del Ecumenismo) son de carácter confesional y de orientación pastoral y espiritual. Estos centros están en plena comunión con la jerarquía a través del Secretariado de Ecumenismo de la Conferencia Episcopal Española y las delegaciones o secretariados diocesanos de ecumenismo, con las que suelen colaborar en las diversas actividades ecuménicas a nivel nacional (Semana de la Unidad, Pentecostés, Día Mundial de Oración...). Ofrecen diversas actividades ecuménicas tales como conferencias sobre temas ecuménicos, cursos, reuniones sistemáticas de oración interconfesional, encuentros y retiros ecuménicos. Además algunos de ellos publican revistas, boletines (en algunos casos en edición electrónica via email), mantienen páginas web y cuentan con hemerotecas y bibliotecas especializadas.